Si ma nel mount la pen risulta montata è proprio strano questo problema.
ti ricordi per caso da che release hai questo problema ?
ah un'altra cosa posta anche l'output del comando df -h
sempre nel momento che la pen è sparita.
Stai per caso usando meoboot ?
root@vusolo:~# df -hAh ultima cosa.
mi fai un df -h anche quando la usb stick è invece vista e funzionante ?